El Santuario de la Virgen de El Pueblito fue inaugurado el 5 de febrero de 1736 cuando la imagen de Nuestra Señora de El Pueblito fue trasladada de su segunda Ermita, ubicada en el antiguo panteón municipal, a su nuevo templo.
Actualmente este tradicional espacio religioso recibe a miles de peregrinos de varios estados de la república e incluso del extranjero.
Dentro del Santuario se encuentra esta bella imagen de la virgen María en su advocación de la Santísima Concepción, creada por Fray Sebastián de Gallegos y colocada en las inmediaciones de la Pirámide por Fr. Nicolás de Zamora, en 1632 -según se indica en las crónicas- fue elaborada de caña de quiote, la cual ahora se encuentra vestida de ricos géneros y delicados bordados.
Al recorrer el templo es obligado conocer la Capilla del Santísimo, así como su patio central enmarcado con arcos en medio punto y una fuente de cantera al centro. El Museo de la Virgen de El Pueblito resguarda en su interior vestimentas y accesorios de Nuestra Señora utilizados a lo largo de la historia, así como documentos, exvotos y fotografías.
Se celebran tres fiestas importantes a lo largo del año: las Fiestas de Febrero o “Fiesta Grande” en honor del aniversario del Santuario, la Fiesta Litúrgica en Abril y las Fiestas de Octubre, que conmemoran su coronación como Patrona de la Ciudad Episcopal de Santiago de Querétaro. En el mes de junio, la imagen de Santa María de El Pueblito, realiza una visita a esta misma ciudad y sus parroquias, por las Rogativas del Buen Temporal.
El 15 de enero de 1745, La Virgen de El Pueblito, fue jurada como Patrona Principal de la Provincia Franciscana de San Pedro y San Pablo de Michoacán.
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