El corregidor de Querétaro, Esteban Gómez de Acosta, presentó en 1743 al gobierno virreinal un Informe sobre la ciudad y su jurisdicción, en el que incluye un apartado al que tituló “Santuario de Nuestra Señora en su Concepción, dicha vulgarmente del Pueblito”, habla de que se pretendía erigir en el Santuario un convento de recoletos de San Francisco, proyecto en el que se interesaron el arzobispo de México, así como las autoridades cívicas y religiosas.
El 26 de mayo de 1765 el rey otorgó su licencia para construir el convento junto al Santuario. Diez años duraron los trabajos y el convento se estrenó el 8 de julio de 1775.
Su primer guardián fue el padre Daniel Doncel, con ocho religiosos de pie y el 11 del mismo mes se abrió el noviciado, al cual se trasladaron dos novicios del convento grande de Querétaro.
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